为了提高怀孕的成功率，医生有时会在一次移植中植入多个胚胎。这增加了多胎妊娠的可能性。多胎妊娠虽然令人欣喜，但也伴随着更高的风险。多胎妊娠的母亲更容易出现孕期并发症，如高血压、糖尿病、早产等。进一步说，多胎婴儿的出生体重通常较低，增加了新生儿健康问题的风险。尽管试管婴儿技术已经相当成熟，但并不能完全避免自然受孕中的常见问题。例如，试管婴儿的流产率并不低于自然受孕的女性。进一步，宫外孕的风险也有所增加，尤其是在输卵管功能不全的情况下。
宫外孕是一种严重的妊娠并发症，可能危及母亲的生命。试管婴儿的过程不仅对身体有影响，还可能给患者带来巨大的心理压力。反复的失败、高昂的费用以及社会舆论的压力都可能使患者感到焦虑、抑郁甚至绝望。长期的心理压力不仅会影响生活质量，还可能进一步影响生育能力。在试管婴儿周期中，患者需要接受大量的激素治疗，以促进卵泡发育和子宫内膜增厚。这些激素药物可能会引发一系列副作用，如情绪波动、头痛、乳房胀痛、体重增加等。
长期使用激素药物还可能增加患乳腺癌、卵巢癌等疾病的风险。为了保存多余的胚胎，许多夫妇选择将胚胎冷冻保存。虽然冷冻技术已经非常先进，但解冻后的胚胎存活率并非百分之百。一些研究表明，冷冻胚胎移植的成功率略低于新鲜胚胎移植。再者，冷冻胚胎的长期安全性仍然存在争议，着重于在遗传学方面。试管婴儿技术带来了许多伦理和法律上的挑战。例如，未使用的胚胎如何处理。如果夫妻离婚，胚胎的归属权如何确定。这些问题在不同国家和地区有不同的规定，可能会给患者带来额外的困扰。
试管婴儿是一项昂贵的医疗程序，尤其在多次尝试的情况下，费用可能会非常高昂。除了直接的医疗费用外，患者还需要承担药物、检查、咨询等其他相关费用。对于许多家庭来说，这是一笔不小的经济负担，可能会衍生出财务压力。尽管目前没有确凿证据表明试管婴儿出生的孩子在智力、体格等方面与自然受孕的孩子有显著差异，但一些研究表明，试管婴儿的孩子可能面临更高的早产、低出生体重、先天性畸形等风险。更甚者，随着这些孩子的成长，他们是否会在青春期或成年后表现出更多的健康问题，仍然是一个值得研究的课题。